Kompetisi Sains Madrasah Online 2020 hanya dibuka untuk Satuan Pendidikan dibawah naungan Kementerian Agama RI yaitu madrasah mulai dari Madrasah Ibtidayah (MI), Madrasah Tsanawiyah (MTs) dan Madrasah Aliyah (MA)
Peserta selain dari Madrasah yang melakukan pendaftaran Kompetisi akan didiskualifikasi oleh Panitia .