Madrasah ini didirikan pada 17 Mei 1999 dan berada di bawah naungan yayasan Khazanah Kebajikan yang menampung anak-anak Yatim Piatu, Yatim, dan Fakir miskin yang bertujuan mencetak generasi muda yang Shalih dan Shalihah dengan ditunjang wawasan pengetahuan yang berkualitas.
Dari sejak berdirinya, MTs berusaha mendidik dan membina masyarakat disekitarnya. Di samping dengan memberikan bantuan secara material juga memberikan sarana pendidikan dari tingkat Sekolah Dasar (SD) sampai Perguruan Tinggi, dengan ketentuan sekolah untuk kepentingan masyarakat umum, khususnya bagi mereka yang tergolong Yatim Piatu, Fakir Miskin dengan tanpa dipungut biaya operasional pendidikan.
Adapun para perintis sekaligus pendirinya ialah:
- H. Fairuspuadi,
- Agus Suwarno, M.A,
- Suardin, S. Sos.I,
- Eneng Zaenab Mukhlishoh
- Muhammad Syafi’i Thohir
Sebagaimana halnya dengan kehadiran MTs-MTs pada umumnya, MTs. Khazanah Kebajikan dimaksudkan untuk mencerdaskan masyarakat melalui pendidikan yang didasarkan pada nilai-nilai keimanan dan ketakwaan terhadap Allah SWT. Hal itu semakin nyata karena pada kenyataannya masyarakat Pondok Cabe Ilir-Pamulang dan sekitarnya memang cukup kental dengan nilai-nilai keagamaan Islam, sehingga kahadiran MTs Khazanah Kebajikan sejalan dengan corak masyarakat Pondok Cabe Ilir-Pamulang yang religius.
Namun demikian, sejalan dengan semakin mekarnya wilayah kota ke daerah-daerah pingggiran DKI Jakarta, Daerah Pondok Cabe Ilir Pamulang kini telah menjadi penyangga kota DKI Jakarta yang memiliki karakteristik masyarakat yang transisi, yakni masyarakat yang memiliki shock dalam menghadapi perubahan-perubahan, khususnya dalam bidang sosio-kultural dan ekonomi.
Ditengah-tengah kehidupan masyarakat seperti itu, MTs Khazanah Kebajikan Pondok Cabe Ilir-Pamulang terpanggil untuk memberikan warna kehidupan masyarakat Pondok Cabe Ilir-Pamulang yang disatu sisi mampu mengapresiasi perubahan-perubahan yang diakibatkan adanya pemekaran wilayah Kota DKI Jakarta, tetapi di sisi lain juga harus mampu mempertahankan nilai-nilai positif kehidupan budaya pribumi Pondok Cabe Ilir-Pamulang yang bercorak religius. Atas dasar itulah, kini MTs Khazanah Kebajikan ingin tampil sebagai Madrasah modern yang berkeinginan memberikan bekal keagamaan kepada siswa/siswi/siswi MTs Khazanah Kebajikan sehingga mampu menjadi insan yang modern yang ditandai dengan kecerdasan akal, tetapi disisi lain juga tampil sebagai insan yang berbudi luhur yang lahir dari penghayatan dan sikap keberagamaan (religiousitas) yang mendalam[1].
